管理研究所是台科大管院歷史最悠久的研究所，集結管院所有優秀師資及豐富資源，68學年開始招收碩士班，72學年設立博士班，而後培育出工管、資管及企管等研究所。迄今本所仍致力於科際整合之管理學門研究，並於86學年起設立EMBA學程，89學年起首創EDBA學程，提供給管理實務經驗豐富的中高階主管ㄧ個回校進修的管道。
95學年起，管理研究所EMBA劃分為全球策略組與科技管理組。全球策略組除了承襲管研EMBAㄧ貫廣泛而專業的管理研究之外，更進一步強化國際化的課程規劃；科技管理組結合台科大營建、工程及電資等科技學術和人才優勢，是科技產業菁英進修的最佳選擇。
專業課程
至少須於下列課程中選修三科以上：科技概論、高科技產業策略分析、科技與創新管理、科技法律、技術鑑價與轉移、創業投資管理、創意與管理。